魏晋时，青海吐谷浑兴起，陇西羌人被逐至赐支（黄河上游）以南，此即石渠先民。

隋朝，石渠属党项羌附属国地。

唐代，石渠归属吐蕃统治。

宋时，石渠为灵国属地。

元朝，石渠由俄支土司（设于灵藏之朵甘思田地里管军民元都帅府）管辖。

明朝，永乐四年（1406年）起由灌顶国师、赞善王灵藏僧人著思巴儿管辖；崇祯十三年（1640年），石渠被固始汗占领。

清代，雍正初归属春科安抚司；

宣统元年（1909年）川滇边务大臣赵尔丰奏请设置石渠县由设于登科（今石渠洛须镇）之边北道管辖；

宣统三年（1911年）正式设置石渠县。

民国二年（1913年），改登科府为邓柯县；

民国二十一年（1932年），刘文辉收复被西藏地方政府占领之石渠、邓柯二县，统一归属西康省。

1950年6月18日，中国人民解放军十八军一五四团到达邓柯，邓柯县和平解放，7月21日，中国人民解放军进驻石渠，石渠解放，二县隶属西康省昌都专区；

1955年，西康省建制撤销，设立四川省西康藏族自治区，石渠、邓柯二县隋昌都专区划归西藏；

1956年初，改西康藏族自治区为甘孜藏族自治州，石渠、邓柯一同并入甘孜州；

1978年7月1日，国务院同意撤销邓柯县，将奔达、正科、真达、洛须、麻嘎5个公社划归石渠县。

1981年4月，全县撤销各公社革命委员会，改称公社管理委员会。全县区划为4个区公所、23个公社管理委员会、163个生产队。

1984年，撤销公社管理委员会，恢复乡人民政府，其中;向阳公社改为虾扎乡，红旗公社改为俄多马乡，团结公社改称瓦土乡，新荣公社改称蒙沙乡，全县区划为4个区、23个乡、163个生产队。

1986年10月，撤销菊母乡人民政府，同时成立尼嘎镇人民政府。

1992年11月，撤销中、西、东、洛须四个区公所，其所属乡、镇由县直辖。分设扎格(原中区)、扎麦(原东区)、扎多(原西区)、洛须四个工作委员会，同时，撤销洛须、瓦土二乡，新建洛须镇人民政府，原瓦士所属划归俄多马乡人民政府。

2012年8月31日，撤销俄多玛乡人民政府，同时成立色须镇人民政府。

2013年8月31日，撤销虾扎乡人民政府，同时成立虾扎镇人民政府。

2014年7月11日，撤销温波乡人民政府，同时成立温波镇人民政府。

2015年9月8日，撤销蒙宜乡人民政府，同时成立蒙宜镇人民政府。

2017年11月13日，撤销阿日扎乡人民政府，同时成立阿日扎镇人民政府。

至2020年7月，全县区划为扎格(原中区)、扎麦(原东区)、扎多(原西区)、洛须四个工作委员会，尼嘎、洛须、色须、虾扎、温波、阿日扎、蒙宜7个镇，起坞、宜牛、新荣、瓦须、长须干马、长须贡马、长沙干马、真达、奔达、正科、麻呷、德荣玛、格孟、呷依、长沙贡马、15个乡及国营牧场，166个行政村，4个居民委员会。